Nació en Jaén en 1947. Comenzó la licenciatura en Matemáticas en la Universidad de Granada y la terminó en la Universidad Complutense de Madrid en 1971 en la especialidad de astronomía y geodesia. Trabajó en la industria como estadístico durante varios años y cursó estudios de Diplomado Superior en Estadística, finalizando su tesis doctoral en 1982 en el Departamento de Estadística de la Universidad de Granada.
Desde 1977 viene trabajando como profesor de matemáticas y didáctica de las matemáticas para la formación de profesores. Actualmente es Catedrático de Universidad en el área de Didáctica de la Matemática, con destino en la Facultad de Ciencias de la Educación de la Universidad de Granada. Coordina un grupo de investigación sobre los fundamentos teóricos y metodológicos de la investigación en didáctica de las matemáticas, imparte cursos de posgrado sobre dicho tema y ha dirigido ocho tesis doctorales sobre educación matemática.
Desde 1993 viene desarrollando un marco teórico específico sobre el conocimiento y la instrucción matemática que está siendo reconocido a nivel internacional a través de publicaciones en las principales revistas del área de conocimiento (Educational Studies in Mathematics, Recherches en Didactiques des Mathématiques, For the Learning of Mathematics, The International Journal on Mathematics Education, etc.). Una selección de sus trabajos está disponible en la página web del grupo: http://www.ugr.es/local/jgodino